법인이 특수관계자인 계열사에게 지급보증을 하면서 지급보증에 따른 수수료를 받는 경우에는 용역의 공급으로 보아 부가가치세가 과세되는 것입니다.

즉, 부가가치세의 과세대상은 재화 또는 용역의 공급이고, 그 공급에 대하여 부가가치세를 과세하지 아니하거나, 특별히 면세한다는 규정이 없는 경우에는 원칙적으로 부가가치세가 과세대상이 되어 납세의무가 있다고 할 것인 바, 부가가치세 과세사업을 영위하는 사업자의 지급보증용역은 금융보험용역처럼 부가가치세가 면제되지 않는 것입니다.

결론은, 사업자가 부가가치세 과세사업과 관련하여 그 대가를 받는 경우에는 그 공급시기에 세금계산서를 발급하여야 하는 것인 바, 당해 지급보증용역을 완료한 때를 공급시기로 보아 그 지급받은 수수료를 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급해야 하는 것입니다.

한편, 용역의 무상공급(특수관계자간 부동산 무상임대 제외)에 해당하여 부가가치세 과세대상이 아니므로 세금계산서를 발급 할 필요는 없는 것입니다.

다만, 법인이 특수관계자인 계열사에게 지급보증을 하면서 별도의 적정 보증수수료를 받지 않는 경우에는 특수관계자 사이의 부당한 지원을 통해 법인의 이익을 감소시킨 경우로 보아 부당행위계산부인 규정이 적용되어 인정이자계산 및 지급이자손금불산입을 계산하는 것입니다.

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